W wieku 15 lat Zappa był w sześciu różnych szkołach średnich. Jako uczeń pogardzał edukacją. Utrzymywał swoje zdanie przez całe swoje życie, wypisując swoje dzieci ze szkoły kiedy skończyły 15 lat oraz odmawiając płacenia za ich college. W trakcie edukacji często opuszczał zajęcia. Pomimo niechęci do nauki, Zappa ukończył szkołę średnią Antelope Valley High School w 1958 roku.
W latach 1960–1964 jego żoną była Kathryn J. „Kay” Sherman. W 1967 ożenił się z Adelaide Gail Sloatman, z którą był do swojej śmierci. Mieli czworo dzieci: Moon Unit, Dweezil, Ahmet Emuukha Rodan i Diva Thin Muffin Pigeen. Gail Zappa zarządzała biznesowo-muzycznym majątkiem rodzinnym prawnie ustawionym jako Zappa Family Trust aż do jej śmierci 8 października 2015 roku.
Poglądy religijne
Był ateistą. Znana była stanowcza niechęć Zappy do Kościoła i religii chrześcijańskiej, której szkodliwość uznawał za równą narkotykom i wojnom. Chrześcijaństwo nazywał religią w najwyższym stopniu antyintelektualistyczną. Zapewniał jednak, że nie przeszkadza mu, iż ktoś odczuwa potrzebę przynależenia do jakiejś religii.
Poglądy na narkotyki
Zappa nie zażywał narkotyków i odradzał innym ich stosowania. Stwierdził: „Narkotyki nie stają się problemem, dopóki osoba, która je bierze, nie zrobi ci czegoś, co mogłoby wpłynąć na twoje życie, a czego nie chcesz, żeby ci się przytrafiło, jak pilot samolotu, który rozbił się, bo był naćpany”.
Pomimo krytycznego stosunku do narkotyków, Zappa był nałogowym palaczem papierosów. Nie rzucił nałogu nawet po zdiagnozowaniu u niego raka prostaty.
Lumpy Gravy (13.05.1968 Verve V/V6-8741 LP) – Uwaga! Częstym błędem jest podawanie tej płyty na trzecim miejscu w dyskografii. Tak naprawdę wydana została jako czwarta, gdyż pierwotna data wydania z 1967 została anulowana. Z drugiej strony www.zappa.com podaje ją jako trzecią.
Does Humor Belong in Music? (27.01.1986 UK EMI CDP 7 46188 2 CD) – początkowo ta pozycja nie należała do oficjalnej dyskografii, po reedycji z inną okładką (18.04.1995 Rykodisc RCD 10548 CD) zaliczona do dyskografii z numerem 45.
Halloween 77: The Palladium, NYC (31.10.2017 Zappa Records ZR20027 Box Set zawierający kostium i 24-bit WAV audio USB stick z kompletem sześciu koncertów: 10.28.77 (2 shows), 10.29.77 (2 shows), 10.30.77, 10.31.77 / wersja okrojona Zappa Records ZR20027K 3CD)
Zappa – Original Motion Picture Soundtrack (27.11.2020 jako zbiór 68 plików AAC, 19.02.2021 Zappa Records ZR20035-2 3CD, 7.05.2021 ZR20035-1 5LP (wersja czarna i dymowa), ZR20035-1C 2LP (wersja krystaliczna))
Zappa ’88: The Last U.S. Show (18.06.2021 Zappa Records ZR20036-1 Box 4LP (wersja czarna i limitowana purpurowa), ZR 20036-2 2CD (wersja w kartonowym pudełku i 20036-2J w zwykłym))
Whisky a Go Go 1968 (21.06.2024 Zappa Records ZR20045 3CD, Frank Zappa Catalog 32 pliki FLAC 24-bit 96kHz, 12.07.2024 Zappa Records ZR20045-2 2LP, ZR20045-5 4LP Limited Edition, Custom Turntable Mat Box Set)
Apostrophe (') 50th Anniversary Edition (13.09.2024 Zappa Records ZR20046 5CD+BR Quadraphonic, Multichannel, Deluxe Edition, Limited Edition, ZR20046-1 LP Gold, ZR20046-1B LP White With Yellow Splatter [Yellow Snow] + 7" Cloudy With Yellow Splatter [Glow In The Dark], Frank Zappa Catalog 66 plików FLAC 24-bit 96kHz)
Cheaper Than Cheep (9.05.2025 Zappa Records ZR20047 2CD+BR, ZR20047-2 Box Set Super Deluxe Edition 3LP+2CD+BR, ZR20047-2B Box Set Limited Super Deluxe Edition 3LP(Picture Disc)+2CD+BR, 27.06.2025 ZR20047-1 3LP, 16.05.2025 Frank Zappa Catalog 25 plików FLAC 24-bit 96kHz)
200 Motels (10.11.1971, film muzyczny, reżyseria: Tony Palmer, Frank Zappa)
Baby Snakes (21.12.1979, film dokumentalny, reżyseria: Frank Zappa)
The Dub Room Special (31.10.1982, film dokumentalny, reżyseria: Dick Darley, Clark Santee, Frank Zappa)
Does Humor Belong In Music? (15.01.1985, koncert – The Pier, New York, 26.08.1984, reżyseria: Frank Zappa)
Video From Hell (15.01.1987, reżyseria: Frank Zappa)
Uncle Meat (15.09.1987, reżyseria: Frank Zappa)
The Amazing Mister Bickford (15.05.1987, film dokumentalny, reżyseria: Frank Zappa, Bruce Bickford)
The True Story of Frank Zappa's 200 Motels (1988, film dokumentalny, reżyseria: Frank Zappa)
Decade (1989, film dokumentalny, reżyseria: Ted Haimes, Martha Spanninger)[to nie jest film o Zappie]
Tom Arnold: The Naked Truth (1991, film dokumentalny, reżyseria: Peter Segal)
The Revenge of the Dead Indians (1993, film dokumentalny, reżyseria: Henning Lohner)
Frank Zappa: Apostrophe(')/Over-Nite Sensation (1.05.2007, film dokumentalny, reżyseria: Matthew Longfellow)
The Torture Never Stops (29.05.2008, koncert – The Palladium, New York City, 31.10.1981, reżyseria: Frank Zappa)
A Token Of His Extreme (4.07.2013, koncert - KCET, Los Angeles, 27.08.1974, reżyseria: Frank Zappa)
Roxy – The Movie (30.10.2015, film dokumentalny i koncerty – The Roxy Theatre, Hollywood, 8-10.12.1973, reżyseria: Frank Zappa)
Zappa (28.10.2020, biograficzny film dokumentalny, reżyseria: Alex Winter)
Cheaper Than Cheep (9.05.2025, w 1974 roku Zappa and the Mothers nagrali koncert w swoim studiu w Hollywood dla stacji telewizyjnych, reżyseria: Ahmet Zappa)
Upamiętnienie
pomnik w Wilnie, odsłonięty 17 grudnia 1995 roku, autorstwa Konstantinasa Bagdonasa
pomnik w Bad Doberan, odsłonięty w 2002 roku, autorstwa Václava Česáka
pomnik w Baltimore, kopia monumentu wileńskiego, odsłonięty we wrześniu 2010 roku
pomnik w Adamowiźnie autorstwa Szymona Malinowskiego
12GregRusso:Cosmik Debris: The Collected History and Improvisations of Frank Zappa.USA:Antique Trader Publications and Crossfire Publications,1998,s.147. ISBN0-9648157-4-5.