Pre-Crisi
All'inizio della sua carriera, Gordon uccide due rapinatori per legittima difesa senza rendersi conto che il loro giovane figlio sta osservando. Traumatizzato dalla morte dei genitori, il ragazzo dedica la sua vita a vendicarsi di Gordon e di altri rappresentanti della legge.
Quando Batman inizia a operare a Gotham City, Gordon inizialmente risentiva la sua interferenza negli affari di polizia. Sebbene Batman combatta il crimine, il suo disprezzo per le normali procedure della polizia crea tensione tra loro, mentre il suo successo nel risolvere casi e catturare i criminali imbarazza la polizia in confronto. Gordon alla fine riconosce che le capacità e le risorse di Batman possono aiutare il dipartimento.
Sebbene Gordon socializzi regolarmente con Bruce Wayne, il suo primo incontro faccia a faccia con Batman non avviene fino a quando Batman non si avvicina a lui per proporgli una collaborazione. Batman convince Gordon che possono proteggere Gotham in modo più efficace collaborando. Gordon accetta la proposta e inizia a condividere informazioni con lui durante le indagini. Successivamente sostituisce Batman e gli permette di lavorare come agente della legge, anche se Batman continua ad operare in modo indipendente e a nascondere la sua identità civile.
Man mano che la loro collaborazione si sviluppa, il Batsegnale viene installato sul tetto del quartier generale della polizia, permettendo a Gordon e al dipartimento di chiamare Batman quando il suo aiuto è necessario. Gordon diventa il principale contatto di Batman all'interno del Dipartimento di Polizia di Gotham City e lo consulta regolarmente durante le principali indagini. Nonostante il loro stretto rapporto professionale, Batman continua a nascondere la sua identità segreta a Gordon.
Venticinque anni dopo che Gordon uccide i due rapinatori, il loro figlio torna a Gotham come il criminale mascherato noto come l'Ira. Utilizzando metodi e attrezzature simili a quelli di Batman, l'Ira prende di mira Gordon e tenta di ucciderlo nell'anniversario della morte dei suoi genitori.
La figlia di Gordon, Barbara Gordon, in seguito crea l'identità di Batgirl dopo essere intervenuta in un tentato rapimento mentre partecipava a un ballo in maschera. Inizia a combattere il crimine in modo indipendente e inizialmente nasconde le sue attività sia a Gordon che a Batman.
Barbara decide poi di rivelare la sua identità a Gordon prima di abbandonare le sue attività di Batgirl per candidarsi al Congresso degli Stati Uniti. Gordon le dice di aver già dedotto il suo segreto ed era rimasto in silenzio perché credeva che lei stessa lo avrebbe rivelato. Barbara viene successivamente eletta al Congresso e riprende a operare come Batgirl.
Post-Crisi
Dopo aver prestato servizio nei Marines degli Stati Uniti, James Gordon inizia la sua carriera nelle forze dell'ordine a Gotham. Da giovane poliziotto, spara e uccide un poliziotto corrotto e sua moglie per legittima difesa davanti al figlio. Il trasferimento di Gordon a Chicago è organizzato dal capitano Gillian Loeb, nel tentativo di evitare che lui e i suoi colleghi poliziotti corrotti vengano smascherati. Loeb minaccia la vita del bambino per costringere Gordon a accettare il trasferimento.
Durante il periodo di Gordon a Chicago, ha difficoltà con la moglie sul concepimento di un figlio mentre frequenta corsi serali di criminologia. Diventa una piccola celebrità dopo aver sventato un tentativo di rapina a tarda notte. Quando decide di indagare su un collega corrotto, però, l'agente e i suoi scagnozzi lo aggrediscono, e il dipartimento di polizia lo scredita per insabbiare lo scandalo. Gordon scopre prove di manipolazioni nelle elezioni del consiglio comunale e fa cadere due suoi colleghi, il che porta il suo comandante a trasferirlo a Gotham.
Gordon viene trasferito di nuovo a Gotham City dopo aver trascorso più di 15 anni a Chicago, scoprendo poco dopo che sua moglie è incinta di suo figlio. Uomo di integrità, Gordon scopre che Batman è il suo unico alleato contro l'amministrazione corrotta, che è alleata con il boss mafioso Carmine Falcone. Il rapporto di Gordon con Batman viene tenuto fuori dagli occhi del pubblico ogni volta che è possibile. Si vendica con la stessa violenza contro un tentativo di intimidazione da parte di colleghi corrotti. Ha una relazione extraconiugale con una collega detective, Sarah Essen. Gordon interrompe la loro relazione per senso di colpa. Falcone manda suo nipote Johnny Viti a rapire la moglie e il figlio di Gordon; Batman li salva però e aiuta Gordon a smascherare la corruzione della commissaria di polizia Gillian B. Loeb. Dopo le dimissioni di Loeb, Gordon viene promosso capitano.
Ancora tenente, Gordon convince il successore di Loeb a implementare il Bat-Segnale come mezzo per contattare Batman e anche per spaventare i criminali. Il primo Robin, Dick Grayson, diventa il compagno di Batman. Gordon inizialmente disapprova che Batman recluti un bambino per combattere criminali pericolosi, ma cresce non solo ad accettare il ragazzo, ma a fidarsi di lui tanto quanto lui si fida di Batman.
Gordon sale rapidamente al grado di commissario dopo che lui e Batman hanno eliminato la corruzione all'interno del dipartimento. Dopo la morte del fratello e della cognata, adotta la nipote, Barbara. Poco dopo aver adottato Barbara, divorzia dalla moglie, che tornò a Chicago con il loro figlio James Gordon Jr., mentre lui mantiene la custodia di Barbara, che alla fine diventa Batgirl. Gordon deduce rapidamente la vera identità dell'eroina e tenta di affrontarla, arrivando persino a perquisire la sua camera in camera per trovare prove. Tuttavia, viene parzialmente scoraggiato da questa convinzione quando Batman fa travestire Robin da Batgirl mentre Barbara è sul tetto con suo padre. Gordon continua a credere che sua figlia sia davvero Batgirl, ma non la affronta a riguardo.
Il Joker rapisce Gordon dopo aver sparato e paralizzato Barbara. Poi rinchiude Gordon in una gabbia in un parco divertimenti abbandonato e lo costringe a guardare foto di una Barbara ferita nel tentativo di farlo impazzire, dimostrando così a Batman che anche persone apparentemente normali possono impazzire dopo aver avuto "una brutta giornata". Batman alla fine cattura il Joker e salva Gordon. Nonostante il trauma intenso che ha subito, la sanità mentale e il codice etico di Gordon sono intatti; insiste che Batman catturi il Joker senza fargli del male per "mostrargli che la nostra strada funziona".
Poco dopo il ritorno di Sarah Essen nella vita di Gordon, riaccendono la loro storia d'amore e si fidanzano. Tuttavia, Essen non riesce a capire perché Gordon abbia così tanto bisogno di Batman, il che a volte mette a dura prova la loro relazione. Successivamente, Gordon subisce un infarto; Il suo fumo accanito negli anni ha indebolito il suo cuore.
Poco prima del matrimonio programmato, Arnold Flass (ex socio di Gordon) picchia Gordon e rapisce James Jr. per riscatto in cambio del permesso di liberare un giudice corrotto. Batman salva James Jr., mentre Gordon, Essen, Flass e il giudice sono intrappolati e devono collaborare per fuggire.
Dopo che Bane spezza la schiena a Batman, Jean-Paul Valley e Dick Grayson assumono il ruolo per un breve periodo e non dicono a Gordon del cambio. Gordon viene rimosso dal suo incarico di commissario e sostituito dalla moglie, in parte a causa della sua riluttanza a fidarsi di Batman.
Durante la trama del Cataclysm, Gotham viene devastata da un terremoto e isolata dall'assistenza esterna. All'interno di Gotham, Gordon fatica a mantenere l'ordine in mezzo a un'ondata di criminalità. Batman è misteriosamente assente per i primi tre mesi, e Gordon si sente tradito. Stringe un'alleanza precaria con Due Facce, ma la collaborazione non dura; Due Facce rapisce Gordon, mettendolo sotto processo per aver rotto la loro alleanza "legalmente vincolante". Gordon riesce però a fuggire e in seguito incontra di nuovo Batman. In questo confronto, Gordon rimprovera Batman per aver lasciato che Gotham "cadesse in rovina". Batman si offre di dimostrare la sua fiducia rivelando la sua identità segreta, ma Gordon si rifiuta di guardare quando Batman gli toglie la maschera. Alla fine, i due ricostruiscono la loro amicizia.
Dopo il terremoto, il Joker uccide Sarah Essen. Un Gordon furioso riesce a trattenersi a stento dal uccidere Joker, sparando invece al pazzo al ginocchio. Non molto tempo dopo, Gordon viene colpito da un criminale che cerca vendetta per un arresto precedente. Sebbene gravemente ferito, sopravvive e alla fine si riprende completamente.
Gordon si ritira dalla polizia dopo aver servito per più di 20 anni. Nonostante sia in pensione, Gordon si sente spesso attratto da una serie di circostanze di vita o di morte, come il Joker che gli manda fiori durante Last Laugh, o viene contattato dal temporaneamente riformato Harvey Dent per impedire a Batman di uccidere il Joker, fino a essere rapito da Francis Sullivan durante la saga Made of Wood. Dopo l'attacco di Sullivan, Batman dà a Gordon un cellulare criptato, il cosiddetto Batphone, nel caso dovesse contattarlo, che trasporta anche un trasmettitore in caso di problemi. Il commissario Michael Akins ha assunto la sua posizione, con molti agenti che hanno espresso riluttanza a seguirlo per lealtà verso Gordon.
Dopo che Barbara necessita di un intervento chirurgico per contrastare gli effetti potenzialmente letali del virus Brainiac, Gordon la visita a Metropolis. Lei gli rivela il suo ruolo attuale come Oracolo, così come il suo passato come Batgirl. Gordon ammette di conoscere la sua identità come Batgirl, ma rimane piacevolmente sorpreso di conoscere la sua seconda identità come Oracolo.
Mentre piangono la morte di Batman, Gordon e sua figlia vengono attaccati da diversi nemici di Batman, resuscitati come membri del Black Lantern Corps. Vengono salvati dall'attuale Batman, Robin, Red Robin e Deadman, ma vengono poi attaccati dai genitori di Batman e Red Robin, dai Flying Grayson rianimati e dai genitori di Tim Drake.
Gordon viene ingannato e spara a un sospetto disarmato in una stazione sotterranea, causando il deragliamento di un treno e l'arresto di Gordon. Durante la detenzione nel penitenziario di Blackgate, Gordon riceve la visita del figlio che organizza di lasciare aperta la cella del padre e dargli l'opportunità di fuggire da Blackgate. Gordon decide di restare in prigione, concludendo che Gotham vale ancora la pena di essere salvata e semplicemente riflettendo che forse sta solo invecchiando e ha commesso un errore. Gordon viene liberato mentre inizia l'assalto finale a Gotham, che procede a radunare tutta la città per riprendersi e aiutare Batman per tutto ciò che ha mai fatto per loro.
Dopo la presunta morte di Bruce Wayne in una battaglia con il Joker, Gordon assume il ruolo di Batman usando una tuta in stile mecha per combattere il crimine a Gotham City. Gordon incontra poi Superman privato di poteri quando Clark arriva a Gotham per indagare sulle prove che le armi usate contro di lui sono state create a Gotham, ma il loro primo incontro si conclude in una rissa poiché Superman non crede che Gordon sia il nuovo Batman e Gordon dubita di Superman a causa della sua collaborazione con Luthor. Sebbene Gordon dubiti delle capacità di Superman a causa del suo stato di impotenza, alla fine collabora con Superman per impedire a Vandal Savage di rubare un sole artificiale creato a Gotham da usare come parte del suo ultimo piano, la loro alleanza aiuta Gordon a riconoscere i meriti continui di Superman come eroe, mentre Superman a sua volta riconosce che il nuovo Batman fa il suo lavoro. Gordon collabora poi con la Justice League per indagare sulla morte di un grande mostro; gli eroi notano dopo il caso che l'alta opinione di Batman sulle capacità detective di Gordon era fondata. Nonostante i migliori sforzi di Gordon, le questioni politiche nel dipartimento portano il signor Bloom a distruggere la sua armatura e a lanciare un massiccio assalto a Gotham dopo aver gravemente ferito Gordon, spingendo l'amnesico Bruce Wayne a tentare di riprendersi il ruolo di Batman. La crisi si conclude con Bloom sconfitto dal ritornato Batman che utilizza parte dell'equipaggiamento di Gordon mentre lavora con il suo vecchio alleato. Il ritorno del vero Batman spinge la GCPD a chiudere il programma e a restituire a Gordon il suo ruolo di commissario.
Gordon chiede aiuto al figlio separato James Jr. per lavorare insieme a lui e Batman per abbattere il doppio noto come Il Cavaliere Grim. Gordon viene rapito dal Cavaliere Grim poiché Batman che Ride cerca di reclutarlo come alleato, solo per rifiutare la sua offerta. In seguito riesce a fuggire. Venuti a sapere che Batman è stato infettato dal Batman Che Ride, Gordon e James ricevono il compito di proteggere la Batcaverna dal Cavaliere Grim, che è in arrivo. Ognuno indossa una tuta da pipistrello, sorprendono brevemente il Cavaliere Grim. Tuttavia, il Cavaliere Grim usa le parole di Gordon contro di sé e sembra convincere James Jr. a schierarsi dalla sua parte. Mentre viene strangolato dal Batman oscuro, Gordon nota una fiala di tossina versata nell'acqua e il Cavaliere Grim inizia ad annegarlo nell'acqua; bevendo diversi sorsi dell'acqua avvelenata, Gordon viene salvato da James che pugnala ripetutamente il Cavaliere Grim alla spalla e alla schiena. Gordon consola il figlio e gli conferma che lo ama. Tuttavia, a causa della sottoposizione a una piccola dose della tossina, Gordon si corrompe. Batman riesce a ottenere aiuto da Superman per catturare Gordon e gli altri eroi infetti finché non si trova una cura.
James Jr. sviluppa un disturbo di personalità multipla, uccidendo i rossi e travestindoli da Batgirl per gelosia. Scoprendo cosa ha fatto, si suicida gettandosi da un faro. Incolpando Batgirl per la morte di James, Gordon si scaglia contro di lei.
Gordon si ritira dal servizio pubblico a seguito della morte del figlio e accetta di cercare Joker per conto di un'organizzazione segreta, con sua figlia Barbara che fornisce supporto di intelligence e comunicazione. Sapeva che sua figlia era Batgirl e la incolpava solo per il dolore per suo figlio.
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