もともとは、米国に支払い住所があるクレジットカードを保有するMac OS Xユーザだけがこのサービスを利用することができたが、AppleのCEOのスティーブ・ジョブズは、Microsoft Windowsおよび米国外のユーザの両方をサポートする計画を発表した。iTunesのWindowsバージョンおよびiTunes Music StoreからのWindowsプラットフォーム向けサポートはすぐに可能になると2003年10月16日に発表された。
2004年6月15日、iTunes Music Storeがフランス、ドイツ、イギリスで開始。曲はフランスおよびドイツ向けに0.99ユーロ、イギリス向けに79ペンスの値段がつけられた。ヨーロッパのiTunes Music Storeでは45万曲がイギリスで販売されるとともに、1週間に合わせて総計80万曲を販売した。
2005年6月7日、日本経済新聞は日本版iTunes Music Storeが8月に開始されると報じたが、それに対してApple Computerは「この話は完全に間違いである」と声明を出した。Appleは2005年末にiTunes Music Storeを開始するために準備している状態だと主張した。
2007年9月5日、iTunes Wi-Fi Music Storeのスタートを発表した。これによって無線LAN環境下であれば、iPhoneやiPod touchといったWi-Fi対応モデルを使って、直接楽曲を購入することが可能になる（レコード店内でのダウンロード購入による競合を嫌ったレコードレーベル側の抵抗により、3G環境下での対応は実現できなかった）。また、iPhone対応のカスタムリングトーン（最長30秒、1曲0.99ドルの追加料金で作成可能）の提供も発表した。
2008年1月15日、iTunes Store内で映画のレンタルサービス「iTunes Movie Rental」を開始すると発表。レンタルしてから30日間経過すると、コンピュータから動画ファイルが自動的に削除される仕組みになっている。通常のSD解像度のバージョンに加え、HDのバージョンもある。
2011年10月12日、iCloudのサービス開始にともない、iTunesの購入楽曲の他端末自動ダウンロード機能「iTunes in the Cloud」、有料オプションの楽曲マッチングサービス「iTunes Match」を北米で開始。
2012年2月22日、日本国内において全楽曲をiTunes Plusで配信を開始。同時にソニー・ミュージック系列の世界規模アーティストの一部楽曲の日本での配信や、ビートルズの楽曲を使用した着信音・通知音の世界独占配信、iTunesに最適化された楽曲「Mastered for iTunes」の配信を開始。
なお、規模は劣るが事務所別で見てみると、嵐などが所属するジャニーズ事務所所属のアーティストは、所属レコード会社を問わず、原則iTunes Storeに参加していなかったが、2019年11月3日午前11時より、嵐のシングル曲全65曲の配信を開始した。また、サザンオールスターズ、福山雅治などが所属するアミューズもかつては原則として参加していなかったものの、DRM撤廃と前後してA-Sketch所属アーティスト（flumpool、ONE OK ROCK）など一部が参加しはじめ、2013年6月のPerfumeを皮切りに、2014年（平成26年）12月17日には、サザンオールスターズが全楽曲を配信し、ほとんどのアーティストが段階的に配信を始めた。
2005年8月4日のiTunes Music Storeの日本での開店の発表で、Appleの最高経営責任者（CEO）であるスティーブ・ジョブズは「今までに5億曲、1日150万曲を販売し、米国でのシェアは82%を超えている最大の音楽配信サービス」と語った。またこれに触発されて、moraなどの国内の音楽配信サービス会社も1曲150 - 200円程度へと価格改定を発表した。
2005年8月9日に、開店後4日間の間に日本のiTunes Music Storeで売れた曲数は100万曲であると発表した。
2006年2月24日にダウンロード数10億曲達成。10億曲目はミシガン州ウェストブルームフィールドに住むAlex Ostrovskyがダウンロードしたコールドプレイの "Speed of Sound" だった。Ostrovskyには20インチ液晶を搭載したiMacと第5世代60GB iPod、1万ドル分のiTunes Music Storeギフトカードが贈られ、また、ジュリアード音楽院にOstrovskyの名前を冠した奨学金制度が創設された。
ペプシによるiTunesプロモーションの成功を受けて、ザ コカ・コーラ カンパニーも米国セブン-イレブンと提携、フローズン飲料Slurpeeの32オンスカップに印刷されたコードをiTunes Music Storeの専用ページで入力することにより、無料で楽曲をダウンロードできるプロモーションを2005年7月31日まで（コードは2005年8月31日まで有効）行った。コカ・コーラは同時期ヨーロッパにおいてiTunes Music Storeと競合する音楽配信サイトMyCokeMusic.comを運営していたが、2006年7月31日にサービスを終了している。
2005年7月28日にAppleはGAP社と共同で、GAP店舗でジーンズを試着すると無料でiTunes Music Storeから楽曲をダウンロードできるプロモーションを8月8日から8月31日まで行うと発表した。
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