La famille des Germanodactylidae est décrite en 1964 par le paléontologuechinoisYang Zhongjian (1987-1979), et a reçu une définition phylogénétique formelle en 2014 par Brian Andres, James Clark et Xu Xing. Ils l'ont défini comme «le clade le moins inclusif contenant Germanodactylus cristatus et Normannognathus wellnhoferi», qu'ils considéraient comme des parents proches à l'époque. Cependant, des études plus récentes menées par les mêmes chercheurs ont montré que ces ptérosaures ne sont peut-être que de loin apparentés.
Des études réalisées dans les années 2000 ont suggéré que ce groupe contenait trois genres: Germanodactylus, Normannognathus et Tendaguripterus. Diverses études ont depuis placé ces ptérosaures dans les grands clades Archaeopterodactyloidea, Eupterodactyloidea ou Dsungaripteroidea, bien qu'il ait également été récupéré dans les Ctenochasmatoidea,,. Dans plusieurs études des années 2010, les espèces supposées de «germanodactylidés» ne forment pas nécessairement un groupe naturel avérées les unes avec les autres, et même le genre Germanodactylus lui-même a été découvert comme étant probablement paraphylétique, ce qui a fait que l'une de ses espèces constituantes a été renommée Altmuehlopterus. Cela rendrait le nom Germanodactylidae synonyme d'un autre clade, comme Archaeopterodactyloidea ou Lophocratia,.
↑(en) Fastnacht, M. (2005). "The first dsungaripterid pterosaur from the Kimmeridgian of Germany and the biomechanics of pterosaur long bones." Acta Palaeontologica Polonica, 50 (2): 273–288. «Archived copy» [archive du ] (consulté le )
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↑(en) Vidovic, S.U. and Martill, D.M. (2017). The taxonomy and phylogeny of Diopecephalus kochi (Wagner, 1837) and "Germanodactylus rhamphastinus" (Wagner, 1851). In Hone, D. W. E., Witton, M. P. &Martill, D. M. (eds) New Perspectives on Pterosaur Palaeobiology. Geological Society, London, Special Publications, 455 DOI10.1144/SP455.12